这两所大学如何选择，个人觉得要先从学校整体实力、专业角度及其他影响因素去分析。

整体实力对比

在2019年软科中国最好医科类大学排名中，南京中医药大学排名全国第16名，而广州中医药大学在排名榜单第14名，在这个排名中，二者不相伯仲。

专业实力对比

在比较专业实力方面，我们引用教育第四轮学科评估的评级是最有说服力的。在教育部第四轮学科评估中，南京中医药大学的中医学获评A-级别，实力相当不俗。而广州中医药大学获评B+等级，要比南京中医药大学略逊一筹。

其他因素对比

从学校所处地理位置来看，南京中医药大学位于我国经济发达省份江苏省省会南京市，区位优越；而广州中医药大学位于中国四大一线城市的广州市，经济发展位列中国前沿；从两个城市高等教育实力来看，南京的985与211大学要多于广州，高校整体实力要强于广州。

基于以上因素，个人建议去南京中医药大学读中医学8年制更好。个人意见，仅供参考。我是登科高考，欢迎私信交流更多高考升学规划的问题。